kraken2
Tags: metagenomics taxonomic-classification kraken2 k-mer sample-scope
Classifique reads metagenômicos usando Kraken2.
Este subworkflow realiza a classificação taxonômica de reads metagenômicos usando Kraken2, um sistema de classificação taxonômica rápido. Ele atribui rótulos taxonômicos a reads de sequenciamento com base em correspondência de k-mers contra um banco de dados de referência.
Utiliza campos de registro posicional explícito para reads:
- Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de read é Path?
Take
reads: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
r1 | Reads R1 Illumina (paired-end) |
r2 | Reads R2 Illumina (paired-end) |
se | Reads Illumina single-end |
lr | Reads longas (ONT/PacBio) |
database: Path
| Nome | Tipo | Descrição |
|---|---|---|
database | Path | Caminho para o banco de dados Kraken2 para classificação taxonômica. |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
kraken2_report | Relatório padrão do Kraken2 contendo contagens de abundância taxonômica |
scrub_report | Relatório resumido de reads removidas durante a eliminação do hospedeiro (opcional) |
special_meta | Um registro de metadados simplificado para uso interno |
classified | Reads atribuídas a um táxon no banco de dados (FASTQ) |
unclassified | Reads NÃO atribuídas a nenhum táxon (FASTQ) |
run_outputs
Nenhuma saída de escopo de execução.
Composição de Módulos
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- kraken2 - Classificação taxonômica e filtragem de hospedeiro de reads de sequência.
Usado Por
Este subworkflow é usado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- kraken2 - Classificação taxonômica de reads de sequência metagenômicos.
Citações
Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
Kraken2
Wood DE, Lu J, Langmead B Improved metagenomic analysis with Kraken 2. Genome Biology, 20(1), 257. (2019)