kleborate
Tags: klebsiella pneumoniae genotyping virulence capsule sample-scope
Ferramenta de genotipagem para Klebsiella pneumoniae e seu complexo de espécies relacionadas.
Este subworkflow realiza a genotipagem abrangente de Klebsiella pneumoniae e espécies relacionadas utilizando o Kleborate. A ferramenta identifica loci capsulares (K) e de O-antígeno (L), fatores de virulência e genes de resistência antimicrobiana adquiridos, fornecendo um genótipo detalhado para estudos de vigilância e epidemiologia.
Take
assembly: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
assembly | Arquivos de montagem em formato FASTA para genotipagem de Klebsiella |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Resultados do Kleborate delimitados por tabulação com predições de espécie, MLST, virulência e resistência |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados em formato CSV |
Composição do Módulo
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- csvtk_concat - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
- kleborate - Genotipagem e triagem de montagens de genomas de Klebsiella.
Usado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- kleborate - Triagem abrangente de genomas de Klebsiella para determinantes de virulência e resistência.
Citations
If you use this in your analysis, please cite the following.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
Kleborate
Lam MMC, Wick RR, Watts, SC, Cerdeira LT, Wyres KL, Holt KE A genomic surveillance framework and genotyping tool for Klebsiella pneumoniae and its related species complex. Nat Commun 12, 4188 (2021)