ismapper
Tags: insertion sequence transposase mobile-genetic-elements sample-scope
Identificar sítios de inserção de transposases em genomas bacterianos.
Este subworkflow mapeia posições de sequências de inserção (IS) em genomas bacterianos utilizando ISMapper. A ferramenta identifica sítios de inserção de transposases a partir de dados de sequenciamento de reads curtas, mapeando reads para sequências de referência e detectando sítios de inserção com alta precisão.
Utiliza campos de registro posicionais explícitos para reads:
- Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de read é Path?
Take
reads: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
r1 | Reads R1 Illumina (paired-end) |
r2 | Reads R2 Illumina (paired-end) |
se | Reads Illumina de extremidade única (não suportado pelo ISMapper) |
lr | Reads longas (não suportadas pelo ISMapper) |
reference: Path
insertions: Path
| Nome | Tipo | Descrição |
|---|---|---|
reference | Path | Genoma de referência no formato FASTA para mapeamento |
insertions | Path | Arquivo de referência de sequências de inserção contendo elementos IS para mapear |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
supplemental | Diretório contendo as tabelas finais de sítios de inserção e resumos visuais |
run_outputs
Sem saídas de escopo de execução.
Composição do Módulo
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- ismapper - Identificar sítios de inserção e orientação de elementos genéticos móveis.
Usado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- ismapper - Identificar posições de sequências de inserção em genomas bacterianos.
Citations
If you use this in your analysis, please cite the following.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
ISMapper
Hawkey J, Hamidian M, Wick RR, Edwards DJ, Billman-Jacobe H, Hall RM, Holt KE ISMapper: identifying transposase insertion sites in bacterial genomes from short read sequence data. BMC Genomics 16, 667 (2015)