iqtree
Tags: phylogeny maximum-likelihood tree bootstrap model-selection run-scope
Construir árvores filogenéticas de máxima verossimilhança a partir de alinhamentos.
Este subworkflow utiliza o IQ-TREE para construir árvores filogenéticas de máxima verossimilhança a partir de alinhamentos de múltiplas sequências. O IQ-TREE implementa algoritmos estocásticos rápidos e eficazes para inferência filogenética, incluindo seleção automática de modelos via ModelFinder. Ele produz árvores filogenéticas com suporte de bootstrap e diversos arquivos suplementares para visualização e análise de árvores.
Take
alignment: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Groovy Record contendo informações da amostra |
aln | Alinhamento de múltiplas sequências no formato FASTA |
Emit
Published
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho principal.
sample_outputs
Nenhuma saída no escopo de amostra.
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
aln | Alinhamento de múltiplas sequências de entrada (repassado) |
nwk | Árvore filogenética de máxima verossimilhança no formato Newick |
supplemental | Relatório detalhado, matriz de distâncias e parâmetros do modelo |
Composição de Módulos
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- iqtree - Inferência filogenômica eficiente usando Máxima Verossimilhança.
Usado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- pangenome - Análise de pan-genoma com filogenia opcional do genoma core.
- snippy - Chamada rápida de variantes por haplótipo e alinhamento do genoma core.
Citations
If you use this in your analysis, please cite the following.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
IQ-TREE
Nguyen L-T, Schmidt HA, von Haeseler A, Minh BQ IQ-TREE: A fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum likelihood phylogenies. Mol. Biol. Evol. 32:268-274 (2015)