hpsuissero
Tags: haemophilus parasuis serotype epidemiology sample-scope
Sorotipagem rápida de Haemophilus parasuis.
Este subworkflow realiza a sorotipagem de Haemophilus parasuis utilizando HpsuisSero, que identifica marcadores específicos de sorotipo em montagens de genomas. A ferramenta fornece classificação rápida de isolados de H. parasuis em seus respectivos sorotipos, o que é importante para a vigilância epidemiológica e o desenvolvimento de vacinas.
Take
assembly: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
assembly | Arquivos de montagem no formato FASTA para predição de sorotipo de H. parasuis |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Resultados de predição de sorotipo do HpsuisSero em formato delimitado por tabulação |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados no formato CSV |
Composição de Módulos
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- csvtk_concat - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
- hpsuissero - Prediz o sorotipo de Haemophilus parasuis.
Utilizado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- hpsuissero - Predição de sorotipo de montagens de Haemophilus parasuis.
Citações
Se você utilizar este fluxo de trabalho em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
HpsuisSero
Lui J HpsuisSero: Rapid Haemophilus parasuis serotyping (GitHub)