hicap
Tags: haemophilus influenzae serotype capsule cap-locus sample-scope
Sorotipagem in silico do locus capsular de Haemophilus influenzae.
Este subworkflow realiza a sorotipagem de Haemophilus influenzae por meio da análise do locus capsular utilizando o hicap. A ferramenta identifica o tipo capsular e produz anotações detalhadas do locus cap, incluindo representação gráfica em formato SVG e anotação em formato GenBank.
Take
assembly: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
assembly | Arquivos de montagem em formato FASTA para predição do sorotipo de H. influenzae |
database_dir: Path?
model_fp: Path?
| Nome | Tipo | Descrição |
|---|---|---|
database_dir | Path? | Diretório contendo os arquivos do banco de dados de referência do hicap (opcional) |
model_fp | Path? | Caminho para o arquivo de modelo HMM para detecção aprimorada (opcional) |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
gbff | Arquivo GenBank contendo a região do locus capsular anotada (opcional) |
svg | Visualização SVG do arranjo de genes do locus capsular (opcional) |
tsv | Resumo delimitado por tabulação do sorotipo previsto e cobertura do locus |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados em formato CSV |
Composição do Módulo
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- csvtk_concat - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
- hicap - Prediz o sorotipo capsular de Haemophilus influenzae.
Usado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- hicap - Identifica o sorotipo e a estrutura do locus cap em montagens de Haemophilus influenzae.
Citações
Se você usar este subworkflow em sua análise, por favor cite o seguinte.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
hicap
Watts SC, Holt KE hicap: in silico serotyping of the Haemophilus influenzae capsule locus. Journal of Clinical Microbiology JCM.00190-19 (2019)