gigatyper
Tags: mlst typing multi-scheme sample-scope
Executa todos os esquemas MLST disponíveis para uma espécie contra uma montagem
Este subworkflow utiliza o GigaTyper para executar todos os esquemas MLST disponíveis para uma espécie contra uma montagem. Ele processa cada amostra individualmente e agrega os resultados em um único relatório consolidado.
Take
fna: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Groovy Record contendo informações da amostra |
fna | Contigs montados no formato FASTA |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Resultados de MLST em todos os esquemas |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Um arquivo TSV consolidado com resultados do gigatyper de todas as amostras |
Composição de Módulos
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- csvtk_concat - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
- gigatyper - Executa todos os esquemas MLST disponíveis para uma espécie contra uma montagem
Usado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- gigatyper - Executa todos os esquemas MLST disponíveis para uma espécie contra uma montagem
Citações
Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
GigaTyper
Petit III RA, Fearing T, Groves E GigaTyper: Why choose one scheme when you can flex them all? (GitHub)