genotyphi
Tags: salmonella typhi genotype antimicrobial-resistance sample-scope
Atribua genótipos a genomas de Salmonella Typhi.
Este subworkflow atribui genótipos a genomas de Salmonella Typhi com base nos resultados do Mykrobe usando o GenoTyphi. O fluxo de trabalho primeiro executa o Mykrobe para predição de resistência antimicrobiana em reads de sequenciamento, em seguida processa os resultados com o GenoTyphi para atribuir genótipos específicos com base na presença de marcadores genéticos conhecidos.
Utiliza campos de registro posicionais explícitos para reads:
- Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de read é Path?
Take
reads: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Groovy Record contendo informações da amostra |
r1 | Reads R1 Illumina (pareados) |
r2 | Reads R2 Illumina (pareados) |
se | Reads Illumina de extremidade única |
lr | Reads longos (ONT/PacBio) |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Um relatório delimitado por tabulação contendo o genótipo GenoTyphi atribuído |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados em formato CSV |
Composição de Módulos
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- mykrobe_predict - Prediz Resistência Antimicrobiana (AMR) para espécies bacterianas suportadas.
- genotyphi_parse - Processa resultados do Mykrobe para genotipar Salmonella Typhi.
- csvtk_concat - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
Usado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- genotyphi - Genotipagem de Salmonella Typhi com atribuição de linhagem.
Citações
Se você usar este subworkflow em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
GenoTyphi
Wong VK, Baker S, Connor TR, Pickard D, Page AJ, Dave J, Murphy N, Holliman R, Sefton A, Millar M, Dyson ZA, Dougan G, Holt KE, & International Typhoid Consortium. An extended genotyping framework for Salmonella enterica serovar Typhi, the cause of human typhoid Nature Communications 7, 12827. (2016) -
Mykrobe
Hunt M, Bradley P, Lapierre SG, Heys S, Thomsit M, Hall MB, Malone KM, Wintringer P, Walker TM, Cirillo DM, Comas I, Farhat MR, Fowler P, Gardy J, Ismail N, Kohl TA, Mathys V, Merker M, Niemann S, Omar SV, Sintchenko V, Smith G, Supply P, Tahseen S, Wilcox M, Arandjelovic I, Peto TEA, Crook, DW, Iqbal Z Antibiotic resistance prediction for Mycobacterium tuberculosis from genome sequence data with Mykrobe Wellcome Open Research 4, 191. (2019)