gamma
Tags: gene allele mutation variant antimicrobial-resistance sample-scope
Gene Allele Mutation Microbial Assessment.
Este subworkflow realiza a identificação, classificação e anotação rápida de correspondências de genes traduzidos a partir de dados de sequenciamento usando o GAMMA. A ferramenta rastreia as sequências de entrada contra um banco de dados de proteínas para identificar variantes de genes, mutações e tipos de alelos, fornecendo anotação e classificação detalhadas.
Take
assembly: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
assembly | Arquivos de montagem no formato FASTA para identificação de alelos de genes |
db: Path
| Nome | Tipo | Descrição |
|---|---|---|
db | Path | Arquivo de banco de dados de proteínas para comparação de sequências (obrigatório) |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
gamma | Arquivo de saída principal do GAMMA contendo correspondências de genes anotadas |
psl | Detalhes brutos do alinhamento no formato PSL |
gff | Correspondências de genes no formato GFF3 |
fasta | Sequências nucleotídicas extraídas dos genes correspondentes |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados no formato CSV |
Composição do Módulo
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- csvtk_concat - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
- gamma - Identificação, classificação e anotação de correspondências de genes traduzidos.
Usado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- gamma - Identificação, classificação e anotação de correspondências de genes traduzidos.
Citações
Se você usar este subworkflow em sua análise, por favor cite o seguinte.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
GAMMA
Stanton RA, Vlachos N, Halpin AL GAMMA: a tool for the rapid identification, classification, and annotation of translated gene matches from sequencing data. Bioinformatics (2021)