fastani
Tags: ani average-nucleotide-identity taxonomy species comparison run-scope
Calcular a Identidade Nucleotídica Média (ANI) entre genomas.
Este subworkflow utiliza o FastANI para calcular valores de Identidade Nucleotídica Média (ANI) em nível de genoma completo entre genomas de consulta e genomas de referência. ANI é uma medida robusta de similaridade genômica utilizada para a delimitação de espécies na taxonomia microbiana. Os resultados são agregados em um único relatório consolidado.
Take
query: Channel<Record>
reference: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
fna | Genomas de consulta em formato FASTA para cálculo de ANI |
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
fna | Genomas de referência em formato FASTA para cálculo de ANI |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
Nenhuma saída com escopo de amostra.
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Um resumo delimitado por tabulação das pontuações ANI, fragmentos correspondentes e fragmentos totais |
csv | Resultados agregados em formato CSV |
Composição de Módulos
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- csvtk_concat - Concatenar múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
- fastani - Calcular a Identidade Nucleotídica Média (ANI) em nível de genoma completo.
Utilizado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- fastani - Cálculo rápido sem alinhamento da Identidade Nucleotídica Média de genoma completo.
Citations
If you use this in your analysis, please cite the following.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
FastANI
Jain C, Rodriguez-R LM, Phillippy AM, Konstantinidis KT, Aluru S High throughput ANI analysis of 90K prokaryotic genomes reveals clear species boundaries. Nat. Commun. 9, 5114 (2018)