emmtyper
Tags: streptococcus-pyogenes emm-typing gas m-protein sample-scope
Prediz tipos emm de Streptococcus pyogenes a partir de montagens de genoma.
Este subworkflow usa o emmtyper para predizer os tipos emm de cepas de Streptococcus pyogenes a partir de genomas montados. Ele processa cada amostra individualmente e agrega os resultados em um único relatório consolidado.
Take
assembly: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
assembly | Conjunto de contigs montados em formato FASTA a ser analisado para genes emm |
blastdb: Path?
| Nome | Tipo | Descrição |
|---|---|---|
blastdb | Path? | Banco de dados BLAST opcional contendo sequências de referência de genes emm para maior precisão na tipagem |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Resumo delimitado por tabulação do tipo emm e cluster atribuídos |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados em formato CSV |
Composição de Módulos
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- emmtyper - Tipagem emm de montagens de Streptococcus pyogenes (Estreptococo do Grupo A).
- csvtk_concat - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
Usado Por
Este subworkflow é usado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- emmtyper - Tipagem emm de montagens de Streptococcus pyogenes.
Citações
Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
emmtyper
Tan A, Seemann T, Lacey D, Davies M, Mcintyre L, Frost H, Williamson D, Gonçalves da Silva A emmtyper - emm Automatic Isolate Labeller (GitHub)