eggnog
Tags: functional annotation orthology eggnog protein-domains sample-scope
Anotação funcional por meio de atribuição de ortologia.
Este subworkflow realiza anotação funcional em escala genômica usando o eggNOG-mapper, que fornece anotação funcional rápida por meio de atribuição de ortologia. Ele pode, opcionalmente, fazer o download do banco de dados eggNOG caso não seja fornecido. O pipeline prediz ortólogos, categorias funcionais e diversos formatos de anotação, incluindo GFF, Excel e relatórios detalhados.
Take
proteins: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
proteins | Sequências de proteínas no formato FASTA para anotação funcional |
database: Path?
download_eggnog: Boolean
save_as_tarball: Boolean
| Nome | Tipo | Descrição |
|---|---|---|
database | Path? | Caminho para o banco de dados eggNOG pré-baixado (opcional) |
download_eggnog | Boolean | Flag booleano para acionar o download do banco de dados, caso não seja fornecido |
save_as_tarball | Boolean | Flag booleano para salvar o banco de dados baixado como tarball |
Emit
Published
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no workflow de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
hits | Hits brutos de busca (Diamond/MMseqs2) contra o banco de dados eggNOG |
seed_orthologs | Lista de ortólogos semente identificados usados para transferência de anotação |
annotations | Arquivo de anotação principal delimitado por tabulação (COGs, KEGG, GO, etc.) |
xlsx | Formato Excel do arquivo de anotações |
orthologs | Lista de ortólogos refinados (opcional) |
genepred | Sequências gênicas preditas (opcional) |
gff | Anotações no formato GFF (opcional) |
no_anno | Arquivo FASTA de sequências que não puderam ser anotadas (opcional) |
pfam | Hits brutos de domínios PFAM (opcional) |
run_outputs
Nenhuma saída de escopo de execução.
Composição de Módulos
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- eggnog_download - Faz o download do banco de dados eggNOG para anotação funcional.
- eggnog_mapper - Anotação funcional de proteínas usando dados de ortologia do eggNOG.
Usado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes workflows:
- eggnog - Anotação funcional de proteínas usando grupos ortólogos e filogenias.
Citations
If you use this in your analysis, please cite the following.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
eggNOG-mapper
Huerta-Cepas J, Forslund K, Coelho LP, Szklarczyk D, Jensen LJ, von Mering C, Bork P Fast Genome-Wide Functional Annotation through Orthology Assignment by eggNOG-Mapper. Mol. Biol. Evol. 34, 2115-2122 (2017)