ectyper
Tags: escherichia coli serotype o-antigen h-antigen sample-scope
Predição in silico do sorotipo de Escherichia coli.
Este subworkflow realiza a predição de sorotipo para genomas de Escherichia coli utilizando o ECTyper, que prediz os antígenos O e H a partir de montagens de genoma completo. A ferramenta identifica marcadores específicos de sorotipo e fornece uma classificação abrangente de sorotipos.
Entrada
assembly: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
assembly | Arquivos de montagem no formato FASTA para predição de sorotipo de E. coli |
Saída
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Resultados de predição de sorotipo do ECTyper em formato delimitado por tabulação |
txt | Resultados detalhados do ECTyper em formato de texto |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados em formato CSV |
Composição de Módulos
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- csvtk_concat - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
- ectyper - Prediz o sorotipo de Escherichia coli (antígenos O e H).
Utilizado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- ectyper - Predição in silico do sorotipo de Escherichia coli.
Citações
Se você usar este subworkflow em sua análise, por favor cite o seguinte.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
ECTyper
Laing C, Bessonov K, Sung S, La Rose C ECTyper - In silico prediction of Escherichia coli serotype (GitHub)