defensefinder
Tags: bacteria assembly anti-phage defense-systems immunity sample-scope
Busca sistematicamente por sistemas de defesa anti-fago.
Este subworkflow usa o DefenseFinder para identificar e classificar sistemas de defesa anti-fago em genomas bacterianos. Ele detecta genes de defesa, hits HMM e sistemas de defesa completos, fornecendo uma análise abrangente dos mecanismos antivirais bacterianos.
Take
assembly: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Groovy Record contendo informações da amostra |
assembly | Contigs montados em formato FASTA para detecção de sistemas de defesa |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
genes_tsv | Lista delimitada por tabulação dos genes de defesa detectados |
hmmer_tsv | Lista delimitada por tabulação dos hits HMMER usados para detecção |
systems_tsv | Resumo delimitado por tabulação dos sistemas de defesa detectados |
proteins | Sequências de proteínas dos genes de defesa detectados |
proteins_index | Arquivo de índice para as sequências de proteínas |
macsydata_raw | Tarball comprimido dos dados brutos do MacSyFinder (opcional) |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados em formato CSV |
Composição do Módulo
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- defensefinder_run - Detecta sistemas de defesa anti-fago usando perfis HMM.
- defensefinder_update - Baixa e empacota os bancos de dados de modelos DefenseFinder e CasFinder.
- csvtk_concat - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
Usado Por
Este subworkflow é usado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- defensefinder - Identificação sistemática de sistemas de defesa anti-fago.
Citações
Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
DefenseFinder
Tesson F, Hervé A, Mordret E, Touchon M, d'Humières C, Cury J, Bernheim A Systematic and quantitative view of the antiviral arsenal of prokaryotes. Nature Communications, 13(1), 2561. (2022)