clonalframeml
Tags: recombination phylogeny masking clonalframe bacterial-evolution run-scope
Detectar e mascarar eventos de recombinação em filogenias bacterianas.
Este subworkflow utiliza o ClonalFrameML para detectar e mascarar eventos de recombinação em filogenias bacterianas. Primeiro, ele constrói uma árvore filogenética rápida usando o IQ-TREE, em seguida identifica regiões de recombinação e cria um alinhamento com a recombinação mascarada. Por fim, calcula distâncias de SNP a partir do alinhamento mascarado usando o snp-dists.
Take
alignment: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
aln | Alinhamento do core-genoma no formato FASTA |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no workflow de entrada.
sample_outputs
Sem saídas no escopo de amostra.
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
masked_aln | Alinhamento com recombinação mascarada, com as regiões de recombinação detectadas removidas |
emsim | Resultados de estimativa de incerteza |
em | Estimativas finais de parâmetros do algoritmo EM |
status | Eventos de recombinação previstos (importações) |
nwk | Árvore de entrada com nós internos rotulados |
fasta | Sequências ancestrais reconstruídas |
pos_ref | Tabela de referência cruzada de posições |
aln | Alinhamento múltiplo de sequências de entrada (repassado do IQ-TREE) |
nwk | Árvore filogenética de máxima verossimilhança de início rápido do IQ-TREE |
tsv | Distâncias de SNP par a par do alinhamento mascarado em formato TSV |
Entradas para Subworkflows Downstream
As emissões a seguir são destinadas ao uso como entradas em subworkflows downstream.
alignment
| Saída | Descrição |
|---|---|
aln | Alinhamento com recombinação mascarada para análise filogenética downstream |
Composição de Subworkflows
Este subworkflow chama os seguintes subworkflows:
- iqtree - Construir árvores filogenéticas de máxima verossimilhança a partir de alinhamentos.
- snpdists - Calcular distâncias de SNP par a par a partir de alinhamentos de sequências.
Composição de Módulos
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- clonalframeml - Inferência de recombinação em genomas bacterianos.
Utilizado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes workflows:
- pangenome - Análise de pan-genoma com filogenia opcional do core-genoma.
Citações
Se você usar isto em sua análise, por favor cite o seguinte.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
ClonalFramML
Didelot X, Wilson DJ ClonalFrameML: Efficient Inference of Recombination in Whole Bacterial Genomes. PLoS Comput Biol 11(2) e1004041 (2015) -
IQ-TREE
Nguyen L-T, Schmidt HA, von Haeseler A, Minh BQ IQ-TREE: A fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum likelihood phylogenies. Mol. Biol. Evol. 32:268-274 (2015) -
snp-dists
Seemann T snp-dists - Pairwise SNP distance matrix from a FASTA sequence alignment. (GitHub)