clermontyping
Tags: escherichia-coli phylogroup typing clermont sample-scope
Prever filogrupos de Escherichia coli a partir de montagens de genoma.
Este subworkflow utiliza o ClermontTyping para determinar os grupos filogenéticos de cepas de Escherichia coli a partir de genomas montados. Ele processa cada amostra individualmente e agrega os resultados em um único relatório consolidado.
Take
assembly: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Groovy Record contendo informações da amostra |
assembly | Contigs montados no formato FASTA |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Resultados de atribuição de filogrupo do ClermonTyping em formato delimitado por tabulação |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados no formato CSV |
Composição do Módulo
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- csvtk_concat - Concatenar múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
- clermontyping - Determinar o filogrupo de isolados de Escherichia coli.
Usado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- clermontyping - Filotipagem in silico do gênero Escherichia.
Citations
If you use this in your analysis, please cite the following.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
ClermontTyping
Beghain J, Bridier-Nahmias A, Le Nagard H, Denamur E, Clermont O. ClermonTyping: an easy-to-use and accurate in silico method for Escherichia genus strain phylotyping. Microbial Genomics, 4(7), e000192. (2018)