checkm
Tags: metagenome bin completeness contamination mag quality sample-scope
Avalie a completude de bins de metagenoma usando CheckM.
Este subworkflow avalia a qualidade e a completude de genomas montados a partir de metagenoma (MAGs) usando o CheckM. Ele fornece uma avaliação abrangente baseada em conjuntos de marcadores específicos por linhagem, estimando a completude e a contaminação dos bins de genoma. O fluxo de trabalho gera relatórios detalhados com estatísticas de genes marcadores, predições taxonômicas e métricas de qualidade para cada bin.
Take
assembly: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Groovy Record contendo informações da amostra |
assembly | Bins de genoma montados a partir de metagenoma a serem avaliados. Cada registro contém metadados |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Resultados da avaliação de qualidade do CheckM em formato delimitado por tabulação |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados em formato CSV |
Composição de Módulos
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- csvtk_concat - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
- checkm_lineagewf - Avalia a qualidade do genoma usando conjuntos de marcadores específicos por linhagem.
Usado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- checkm - Avaliação da qualidade da montagem de genomas microbianos.
Citations
If you use this in your analysis, please cite the following.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
CheckM
Parks DH, Imelfort M, Skennerton CT, Hugenholtz P, Tyson GW CheckM: assessing the quality of microbial genomes recovered from isolates, single cells, and metagenomes. Genome Res 25, 1043-1055 (2015)