busco
Tags: assembly completeness quality assessment orthologs evaluation sample-scope
Avalie a completude da montagem genômica usando BUSCO.
Este subworkflow avalia a completude da montagem genômica buscando ortólogos de cópia única no banco de dados do BUSCO. Ele gera relatórios abrangentes de completude, incluindo ortólogos de cópia única ausentes, duplicados, fragmentados e completos. O fluxo de trabalho inclui avaliações individuais por amostra e um relatório de resumo consolidado para todas as amostras.
Take
assembly: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Groovy Record contendo informações da amostra |
assembly | Montagens genômicas a serem avaliadas quanto à completude. Cada registro contém metadados |
busco_lineage: String
| Nome | Tipo | Descrição |
|---|---|---|
busco_lineage | String | Conjunto de dados de linhagem do BUSCO a ser usado na avaliação (ex.: bacteria_odb10). |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregações de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Relatório de resumo em texto com a pontuação de completude (C/S/D/F/M%) |
supplemental | Diretório contendo tabelas completas, listas de genes ausentes e dados de linhagem |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados no formato CSV |
Composição de Módulos
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- csvtk_concat - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
- busco - Avalia a completude da montagem genômica usando ortólogos de cópia única.
Utilizado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- busco - Avaliação da completude da montagem genômica usando expectativas evolutivamente informadas.
Citations
If you use this in your analysis, please cite the following.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
BUSCO
Manni M, Berkeley MR, Seppey M, Simão FA, Zdobnov EM BUSCO Update: Novel and Streamlined Workflows along with Broader and Deeper Phylogenetic Coverage for Scoring of Eukaryotic, Prokaryotic, and Viral Genomes. Molecular Biology and Evolution 38(10), 4647-4654. (2021)