btyper3
Tags: bacillus cereus taxonomy typing toxin-genes sample-scope
Classificação taxonômica in silico de genomas do grupo Bacillus cereus.
Este subworkflow realiza a classificação taxonômica de genomas do grupo Bacillus cereus utilizando o BTyper3, que fornece uma classificação abrangente incluindo espécie, linhagem e detecção de genes de toxinas. Os resultados de amostras individuais são agregados em um arquivo de resumo combinado.
Entrada
assembly: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
assembly | Arquivos de montagem no formato FASTA para classificação do grupo Bacillus cereus |
Saída
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregações de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Resultados de tipagem e classificação do BTyper3 em formato delimitado por tabulação |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados em formato CSV |
Composição do Módulo
Este subworkflow utiliza os seguintes módulos:
- csvtk_concat - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
- btyper3 - Tipagem e caracterização in silico de genomas do grupo Bacillus cereus.
Usado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- btyper3 - Classificação taxonômica de isolados do grupo Bacillus cereus.
Citações
Se você utilizar esta ferramenta em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
BTyper3
Carroll LM, Cheng RA, Kovac J No Assembly Required: Using BTyper3 to Assess the Congruency of a Proposed Taxonomic Framework for the Bacillus cereus Group With Historical Typing Methods. Frontiers in Microbiology, 11, 580691. (2020)