bracken
Tags: metagenomics taxonomic-classification abundance-estimation kraken2 bracken sample-scope
Estimar a abundância de espécies a partir de reads metagenômicos.
Este subworkflow realiza classificação taxonômica e estimativa de abundância utilizando Kraken2 e Bracken. Ele processa reads metagenômicos, classifica-os em relação a um banco de dados de referência e gera estimativas de abundância em diferentes níveis taxonômicos com correção de abundância opcional.
Utiliza campos de registro posicionais explícitos para reads:
- Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de leitura é Path?
Take
reads: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
r1 | Reads Illumina R1 (paired-end) |
r2 | Reads Illumina R2 (paired-end) |
se | Reads Illumina single-end |
lr | Long reads (ONT/PacBio) |
database: Path
| Nome | Tipo | Descrição |
|---|---|---|
database | Path | Caminho para o banco de dados Kraken2 para classificação taxonômica. |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Resumo delimitado por tabulação das abundâncias de espécies primárias e secundárias do Bracken |
special_meta | Um registro de metadados simplificado para uso interno |
classified | Reads classificados como pertencentes a algum dos táxons no banco de dados Kraken2 |
unclassified | Reads não classificados como pertencentes a algum dos táxons no banco de dados Kraken2 |
kraken2_report | Relatório do Kraken2 contendo estatísticas sobre reads classificados e não classificados |
kraken2_output | Arquivo de saída do Kraken2 contendo a classificação taxonômica de cada read |
bracken_report | Relatório do Bracken contendo estatísticas sobre reads classificados e não classificados |
krona | Visualização HTML interativa do Krona |
abundances | Estimativas de abundância do Bracken para cada táxon |
classification | Detalhes de classificação por read do Bracken |
adjusted_abundances | Estimativas de abundância do Bracken ajustadas para reads não classificados |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados em formato CSV |
Composição do Módulo
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- bracken - Classificação taxonômica e estimativa de abundância.
- csvtk_concat - Concatenar múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
- csvtk_concat - Concatenar múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
Usado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- bracken - Estimar a abundância taxonômica de amostras metagenômicas.
Citations
If you use this in your analysis, please cite the following.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
Kraken2
Wood DE, Lu J, Langmead B Improved metagenomic analysis with Kraken 2. Genome Biology, 20(1), 257. (2019) -
Bracken
Lu J, Breitwieser FP, Thielen P, and Salzberg SL Bracken: estimating species abundance in metagenomics data. PeerJ Computer Science, 3, e104. (2017)