blastx
Tags: blast protein translation alignment database sample-scope
Traduz sequências nucleotídicas e pesquisa em banco de dados de proteínas.
Este subworkflow utiliza o BLASTX do pacote NCBI BLAST+ para traduzir sequências nucleotídicas nos seis quadros de leitura e pesquisá-las contra um banco de dados de proteínas. Ele processa cada montagem individualmente e agrega os resultados em um único relatório consolidado.
Take
blastdb: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Groovy Record contendo informações da amostra |
blastdb | Um arquivo tarball comprimido contendo o banco de dados BLAST |
query: Path
| Nome | Tipo | Descrição |
|---|---|---|
query | Path | Caminho para o banco de dados de proteínas BLAST para pesquisa de sequências traduzidas |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Um resumo delimitado por tabulação dos alinhamentos (BLAST outfmt 6 padrão) |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados em formato CSV |
Composição do Módulo
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- blast_blastx - Pesquisa um banco de dados de proteínas usando uma consulta nucleotídica traduzida.
- csvtk_concat - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
Usado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- blastx - Pesquisa contra bancos de dados BLAST de proteínas usando consultas nucleotídicas traduzidas.
Citations
If you use this in your analysis, please cite the following.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
BLAST
Camacho C, Coulouris G, Avagyan V, Ma N, Papadopoulos J, Bealer K, Madden TL BLAST+: architecture and applications. BMC Bioinformatics 10, 421 (2009)