blastn
Tags: blast alignment nucleotide search fasta database sample-scope
Pesquise um banco de dados de nucleotídeos usando sequências de consulta de nucleotídeos.
Este subworkflow usa o BLASTN para alinhar sequências de consulta de nucleotídeos contra um banco de dados BLAST de nucleotídeos. Ele processa cada amostra individualmente e agrega os resultados do alinhamento em um único relatório consolidado para todas as amostras.
Take
blastdb: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
blastdb | Um tarball comprimido contendo o banco de dados BLAST |
query: Path
| Nome | Tipo | Descrição |
|---|---|---|
query | Path | Arquivo FASTA contendo sequências de consulta de nucleotídeos para pesquisar nas montagens |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
tsv | Um resumo delimitado por tabulação dos alinhamentos (BLAST outfmt 6 padrão) |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados em formato CSV |
Composição de Módulos
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- blast_blastn - Pesquise um banco de dados de nucleotídeos usando uma consulta de nucleotídeos.
- csvtk_concat - Concatene múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
Usado Por
Este subworkflow é usado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- blastn - Pesquise bancos de dados BLAST de nucleotídeos usando consultas de nucleotídeos.
Citations
If you use this in your analysis, please cite the following.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
BLAST
Camacho C, Coulouris G, Avagyan V, Ma N, Papadopoulos J, Bealer K, Madden TL BLAST+: architecture and applications. BMC Bioinformatics 10, 421 (2009)