bactopia_sketcher
Tags: taxonomy classification minhash sketch mash sourmash refseq gtdb sample-scope
Cria sketches genômicos e realiza classificação taxonômica rápida.
Este subworkflow gera sketches MinHash a partir de genomas montados usando Mash e Sourmash. Os sketches são comparados com bancos de dados de referência para identificar a classificação taxonômica e encontrar genomas proximamente relacionados. O Mash realiza consultas contra o RefSeq, enquanto o Sourmash utiliza o banco de dados GTDB para posicionamento taxonômico abrangente.
Take
assembly: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
assembly | Contigs montados no formato FASTA |
mash_db: Path
sourmash_db: Path
| Nome | Tipo | Descrição |
|---|---|---|
mash_db | Path | Caminho para o banco de dados Mash RefSeq para classificação taxonômica |
sourmash_db | Path | Caminho para o banco de dados Sourmash GTDB LCA para classificação taxonômica |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no workflow de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
sig | Arquivo de assinatura do Sourmash |
msh | Arquivos de sketch do Mash para k=21 e k=31 |
mash | Relatório de classificação do Mash Screen contra o RefSeq |
sourmash | Relatório de classificação LCA do Sourmash contra o GTDB |
run_outputs
Nenhuma saída de escopo de execução.
Composição de Módulos
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- bactopia_sketcher - Cria sketches genômicos e realiza classificação taxonômica rápida.
Utilizado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes workflows:
- bactopia - Pipeline abrangente de análise bacteriana para caracterização genômica completa.
- staphopia - Pipeline de análise abrangente para isolados de Staphylococcus aureus.
Citações
Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
Mash
Ondov BD, Treangen TJ, Melsted P, Mallonee AB, Bergman NH, Koren S, Phillippy AM Mash: fast genome and metagenome distance estimation using MinHash. Genome Biol 17, 132 (2016) -
Sourmash
Brown CT, Irber L sourmash: a library for MinHash sketching of DNA. JOSS 1, 27 (2016)