bactopia_qc

Tags: quality-control adapters error-correction subsampling fastq illumina nanopore fastp bbduk nanoq sample-scope

Realize controle de qualidade abrangente em reads de sequenciamento.

Este subworkflow processa reads de sequenciamento brutas por meio de um pipeline completo de controle de qualidade. Ele se adapta a diferentes tipos de reads:

• Illumina: Remoção de adaptadores/PhiX (Fastp ou BBDuk), Correção de erros (Lighter) e Subsampling (Rasusa)
• Nanopore: Remoção de adaptadores (Porechop), Filtragem por qualidade (Nanoq) e Subsampling (Rasusa)
• Híbrido: Processa reads curtas e longas por meio de seus respectivos pipelines
• Montagem: Passa reads simuladas a partir de montagens

Gera métricas de qualidade usando fastq-scan e relatórios de qualidade opcionais usando FastQC (Illumina) e NanoPlot (ONT).

Entrada

samples: Channel<Record>

Campo	Descrição
meta	Groovy Record contendo informações da amostra (deve incluir runtype, genome_size, species)
r1	Reads R1 Illumina (pareadas - sentido direto)
r2	Reads R2 Illumina (pareadas - sentido reverso)
se	Reads Illumina de extremidade única
lr	Reads longas (ONT)
assembly	Arquivo de montagem (FASTA) para simulações baseadas em montagem

adapters: Path?
phix: Path?

Nome	Tipo	Descrição
adapters	Path?	Sequências de adaptadores opcionais no formato FASTA para remoção das reads Illumina
phix	Path?	Sequências PhiX opcionais no formato FASTA para remoção das reads Illumina

Saída

Publicados

As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.

sample_outputs

Saída	Descrição
reads_grouped	Todos os FASTQs de saída para publicação
supplemental	Relatórios de QC (FastQC/NanoPlot), métricas JSON e FASTQs de erro caso o QC falhe
error	Mensagens de erro capturadas caso o QC falhe (ex.: reads vazias após trimagem)

run_outputs

Sem saídas de escopo de execução.

Entradas para Etapas Posteriores

As emissões a seguir são destinadas ao uso como entradas para subworkflows posteriores.

reads

Saída	Descrição
r1	Reads R1 Illumina filtradas por QC
r2	Reads R2 Illumina filtradas por QC
se	Reads de extremidade única filtradas por QC
lr	Reads longas filtradas por QC
fna	Arquivo de montagem (repassado para amostras baseadas em montagem)

Composição de Módulos

Este subworkflow chama os seguintes módulos:

• bactopia_qc - Controle de qualidade automatizado, correção de erros e subsampling de reads.

Utilizado Por

Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:

• bactopia - Pipeline abrangente de análise bacteriana para caracterização genômica completa.
• cleanyerreads - Controle de qualidade e remoção opcional de reads do hospedeiro a partir de reads brutas de sequenciamento.
• staphopia - Pipeline de análise abrangente para isolados de Staphylococcus aureus.

Citações

Se você usar este subworkflow em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• BBTools
  Bushnell B BBMap short read aligner, and other bioinformatic tools. (Link)

• fastp
  Chen S, Zhou Y, Chen Y, and Gu J fastp: an ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor. Bioinformatics, 34(17), i884-i890. (2018)

• FastQC
  Andrews S FastQC: a controle de qualidade tool for high throughput sequence data. (WebLink)

• fastq-scan
  Petit III RA fastq-scan: generate summary statistics of input FASTQ sequences. (GitHub)

• Lighter
  Song L, Florea L, Langmead B Lighter: Fast and Memory-efficient Sequencing Error Correction without Counting. Genome Biol. 15(11):509 (2014)

• NanoPlot
  De Coster W, D'Hert S, Schultz DT, Cruts M, Van Broeckhoven C NanoPack: visualizing and processing long-read sequencing data Bioinformatics Volume 34, Issue 15 (2018)

• Nanoq
  Steinig E Nanoq: Minimal but speedy controle de qualidade for nanopore reads in Rust (GitHub)

• Porechop
  Wick RR, Judd LM, Gorrie CL, Holt KE. Completing bacterial genome assemblies with multiplex MinION sequencing. Microb Genom. 3(10):e000132 (2017)

• Rasusa
  Hall MB Rasusa: Randomly subsample sequencing reads to a specified coverage. (2019).

Fonte

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