bactopia_datasets
Tags: download database setup amr mlst minhash sourmash gtdb custom-scope
Baixe e forneça datasets pré-compilados necessários pelo Bactopia.
Este subworkflow encapsula o módulo DATASETS e extrai os caminhos individuais de cada banco de dados como emissões de canal separadas para uso nos processos seguintes.
Emissões
Publicadas
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho principal.
Entradas para Processos Seguintes
As emissões a seguir são destinadas a serem usadas como entradas para subworkflows posteriores.
amrfinderplus_db
Caminho para o tarball do banco de dados do AMRFinderPlus
mlst_db
Caminho para o tarball do banco de dados do PubMLST
mash_db
Caminho para o sketch do Mash RefSeq
sourmash_db
Caminho para as assinaturas do Sourmash GTDB
Composição do Módulo
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- bactopia_datasets - Baixa os datasets pré-compilados necessários pelo Bactopia.
Utilizado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- amrfinderplus - Bactopia Tool: Amrfinderplus.
- bactopia - Pipeline abrangente de análise bacteriana para caracterização genômica completa.
- merlin - Seleção e execução de ferramentas específicas por espécie assistida por MinMER.
- staphopia - Pipeline de análise abrangente para isolados de Staphylococcus aureus.
Citações
Se você usar este subworkflow em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
AMRFinderPlus
Feldgarden M, Brover V, Haft DH, Prasad AB, Slotta DJ, Tolstoy I, Tyson GH, Zhao S, Hsu C-H, McDermott PF, Tadesse DA, Morales C, Simmons M, Tillman G, Wasilenko J, Folster JP, Klimke W Validating the NCBI AMRFinder Tool and Resistance Gene Database Using resistencia antimicrobiana Genotype-Phenotype Correlations in a Collection of NARMS Isolates. Antimicrob. Agents Chemother. (2019) -
Mash Refseq (release 88) Sketch
Ondov BD, Starrett GJ, Sappington A, Kostic A, Koren S, Buck CB, Phillippy AM Mash Screen: high-throughput sequence containment estimation for genome discovery Genome Biol 20, 232 (2019) -
PubMLST.org
Jolley KA, Bray JE, Maiden MCJ Open-access bacterial population genomics: BIGSdb software, the PubMLST.org website and their applications. Wellcome Open Res 3, 124 (2018) -
Sourmash Genbank LCA Signature
Brown CT, Irber L sourmash: a library for MinHash sketching of DNA. JOSS 1, 27 (2016)