bactopia_assembler

Tags: bacteria assembly hybrid shovill dragonflye unicycler illumina nanopore sample-scope

Monte genomas bacterianos usando seleção automatizada de montador.

Este subworkflow seleciona automaticamente a estratégia de montagem ideal com base nos tipos de reads de entrada:

• Reads Paired-End Curtos: Usa Shovill (wrapper SKESA/SPAdes)
• Reads Single-End Curtos: Usa Shovill-SE (wrapper SKESA/SPAdes)
• Reads Longos: Usa Dragonflye (wrapper Flye/Miniasm)
• Montagem Híbrida: Usa Unicycler ou Dragonflye com polimento por reads curtos

O fluxo de trabalho realiza montagens individuais por amostra e agrega estatísticas de montagem de todas as amostras usando assembly-scan para avaliação abrangente de qualidade.

Entrada

samples: Channel<Record>

Campo	Descrição
meta	Registro Groovy contendo informações da amostra
r1	Reads Illumina R1 (paired-end forward)
r2	Reads Illumina R2 (paired-end reverse)
se	Reads Illumina single-end
lr	Reads longos (ONT/PacBio) para montagem de reads longos ou híbrida

Saída

Publicado

As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.

sample_outputs

Saída	Descrição
tsv	Relatório delimitado por tabulação com estatísticas de montagem (N50, comprimento, cobertura)
supplemental	Arquivos suplementares incluindo grafos de montagem e logs específicos da ferramenta
error	Mensagens de erro capturadas caso a montagem falhe

run_outputs

Saída	Descrição
csv	Estatísticas de montagem agregadas de todas as amostras

Entradas para Downstream

As seguintes emissões destinam-se a ser usadas como entradas para subworkflows downstream.

assembly

Saída	Descrição
fna	Contigs montados para anotação e análise downstream

assembly_reads

Saída	Descrição
fna	Contigs montados
r1	Reads Illumina R1 (paired-end forward)
r2	Reads Illumina R2 (paired-end reverse)
se	Reads Illumina single-end
lr	Reads longos (ONT/PacBio)

Composição de Módulos

Este subworkflow chama os seguintes módulos:

• bactopia_assembler - Monta genomas bacterianos usando estratégias de reads curtos, reads longos ou híbridas.
• csvtk_concat - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.

Usado Por

Este subworkflow é usado pelos seguintes fluxos de trabalho:

• bactopia - Pipeline abrangente de análise bacteriana para caracterização genômica completa.
• staphopia - Pipeline de análise abrangente para isolados de Staphylococcus aureus.

Citações

Se você usar este recurso em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• any2fasta
  Seemann T any2fasta: Convert various sequence formats to FASTA (GitHub)

• assembly-scan
  Petit III RA assembly-scan: generate basic stats for an assembly (GitHub)

• BWA
  Li H Aligning sequence reads, clone sequences and assembly contigs with BWA-MEM. arXiv [q-bio.GN] (2013)

• Dragonflye
  Petit III RA Dragonflye: Assemble bacterial isolate genomes from Nanopore reads. (GitHub)

• FLASH
  Magoč T, Salzberg SL FLASH: fast length adjustment of short reads to improve genome assemblies. Bioinformatics 27.21 2957-2963 (2011)

• Flye
  Kolmogorov M, Yuan J, Lin Y, Pevzner P Assembly of Long Error-Prone Reads Using Repeat Graphs Nature Biotechnology (2019)

• Medaka
  ONT Research Medaka: Sequence correction provided by ONT Research (GitHub)

• MEGAHIT
  Li D, Liu C-M, Luo R, Sadakane K, Lam T-W MEGAHIT: an ultra-fast single-node solution for large and complex metagenomics assembly via succinct de Bruijn graph. Bioinformatics 31.10 1674-1676 (2015)

• Miniasm
  Li H Miniasm: Ultrafast de novo assembly for long noisy reads (GitHub)

• Minimap2
  Li H Minimap2: pairwise alignment for nucleotide sequences. Bioinformatics 34:3094-3100 (2018)

• Nanoq
  Steinig E Nanoq: Minimal but speedy controle de qualidade for nanopore reads in Rust (GitHub)

• Pigz
  Adler M. pigz: A parallel implementation of gzip for modern multi-processor, multi-core machines. Jet Propulsion Laboratory (2015)

• Pilon
  Walker BJ, Abeel T, Shea T, Priest M, Abouelliel A, Sakthikumar S, Cuomo CA, Zeng Q, Wortman J, Young SK, Earl AM Pilon: an integrated tool for comprehensive microbial variant detection and genome assembly improvement. PloS one 9.11 e112963 (2014)

• Racon
  Vaser R, Sović I, Nagarajan N, Šikić M Fast and accurate de novo genome assembly from long uncorrected reads. Genome Res 27, 737-746 (2017)

• Rasusa
  Hall MB Rasusa: Randomly subsample sequencing reads to a specified coverage. (2019).

• Raven
  Vaser R, Šikić M Time- and memory-efficient genome assembly with Raven. Nat Comput Sci 1, 332-336 (2021)

• samclip
  Seemann T Samclip: Filter SAM file for soft and hard clipped alignments (GitHub)

• Samtools
  Li H, Handsaker B, Wysoker A, Fennell T, Ruan J, Homer N, Marth G, Abecasis G, Durbin R The Sequence Alignment/Map format and SAMtools. Bioinformatics 25, 2078-2079 (2009)

• Shovill
  Seemann T Shovill: De novo assembly pipeline for Illumina paired reads (GitHub)

• Shovill-SE
  Petit III RA Shovill-SE: A fork of Shovill that includes support for single end reads. (GitHub)

• SKESA
  Souvorov A, Agarwala R, Lipman DJ SKESA: strategic k-mer extension for scrupulous assemblies. Genome Biology 19:153 (2018)

• SPAdes
  Bankevich A, Nurk S, Antipov D, Gurevich AA, Dvorkin M, Kulikov AS, Lesin VM, Nikolenko SI, Pham S, Prjibelski AD, Pyshkin AV, Sirotkin AV, Vyahhi N, Tesler G, Alekseyev MA, Pevzner PA SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing. Journal of computational biology 19.5 455-477 (2012)

• Unicycler
  Wick RR, Judd LM, Gorrie CL, Holt KE Unicycler: Resolving bacterial genome assemblies from short and long sequencing reads. PLoS Comput. Biol. 13, e1005595 (2017)

• Velvet
  Zerbino DR, Birney E Velvet: algorithms for de novo short read assembly using de Bruijn graphs. Genome research 18.5 821-829 (2008)

Fonte

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