ariba
Tags: bacteria reads antimicrobial-resistance virulence local-assembly sample-scope
Identifique genes rapidamente criando montagens locais a partir de reads paired-end.
Este subworkflow utiliza o ARIBA (resistencia antimicrobiana Identification By Assembly) para identificar rapidamente genes em um banco de dados por meio de montagens locais. Ele primeiro baixa e prepara um banco de dados ARIBA, em seguida analisa reads paired-end para identificar genes e, por fim, agrega os resultados de todas as amostras.
Utiliza campos de registro posicionais explícitos para reads:
- Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de read é Path?
Take
reads: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Groovy Record contendo informações da amostra |
r1 | Reads R1 Illumina (paired-end) |
r2 | Reads R2 Illumina (paired-end) |
se | Reads Illumina single-end (não suportado pelo ARIBA) |
lr | Long reads (não suportado pelo ARIBA) |
db: String
| Nome | Tipo | Descrição |
|---|---|---|
db | String | Nome do banco de dados para análise com ARIBA (ex.: ncbi, card, vfdb, resfinder, argannot) |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho principal.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
report | Relatório detalhado delimitado por tabulação dos resultados de detecção de genes |
summary | Resumo condensado separado por vírgulas dos genes detectados |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados em formato CSV |
Composição do Módulo
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- ariba_getref - Baixa e prepara bancos de dados de referência para análise com ARIBA.
- ariba_run - Identifica genes por meio de montagem local de reads.
- csvtk_concat - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
Usado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- ariba - Identificação de genes por meio de montagens locais.
Citations
If you use this in your analysis, please cite the following.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
Ariba
Hunt M, Mather AE, Sánchez-Busó L, Page AJ, Parkhill J, Keane JA, Harris SR ARIBA: rapid resistencia antimicrobiana genotyping directly from sequencing reads. Microb Genom 3, e000131 (2017)