amrfinderplus
Tags: bacteria assembly antimicrobial-resistance gene-prediction sample-scope
Encontre genes de resistência antimicrobiana e mutações pontuais.
Este subworkflow usa o AMRFinderPlus para identificar genes de resistência antimicrobiana adquiridos e algumas mutações pontuais em sequências de proteínas ou nucleotídeos montados.
Entrada
fasta: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
genes | Sequências de nucleotídeos de genes no formato FASTA |
proteins | Sequências opcionais de aminoácidos de proteínas no formato FASTA (Path?) |
gff | Arquivo opcional de anotação GFF3 (Path?) |
db: Path
| Nome | Tipo | Descrição |
|---|---|---|
db | Path | Caminho para o diretório do banco de dados do AMRFinderPlus contendo dados de referência para detecção de genes AMR. |
Saída
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregações de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
report | Um relatório delimitado por tabulação com genes AMR e fatores de virulência identificados |
mutation_report | Mutações pontuais específicas do organismo associadas à resistência antimicrobiana |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Um arquivo TSV consolidado com os resultados do AMRFinder+ de todas as amostras |
Composição do Módulo
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- csvtk_concat - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
- amrfinderplus_run - Identifica genes de resistência antimicrobiana e virulência em sequências de genes ou proteínas.
Usado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- amrfinderplus - Ferramenta Bactopia: Amrfinderplus.
- bactopia - Pipeline abrangente de análise bacteriana para caracterização genômica completa.
- staphopia - Pipeline abrangente de análise para isolados de Staphylococcus aureus.
Citações
Se você usar este subworkflow em sua análise, por favor cite o seguinte.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
AMRFinderPlus
Feldgarden M, Brover V, Haft DH, Prasad AB, Slotta DJ, Tolstoy I, Tyson GH, Zhao S, Hsu C-H, McDermott PF, Tadesse DA, Morales C, Simmons M, Tillman G, Wasilenko J, Folster JP, Klimke W Validating the NCBI AMRFinder Tool and Resistance Gene Database Using resistencia antimicrobiana Genotype-Phenotype Correlations in a Collection of NARMS Isolates. Antimicrob. Agents Chemother. (2019)