agrvate
Tags: staphylococcus-aureus assembly agr-locus virulence quorum-sensing sample-scope
Identificar o tipo de locus agr e variantes do operon em Staphylococcus aureus.
Este subworkflow utiliza o AgrVATE para identificar rapidamente o tipo do locus do regulador de gene acessório (agr) e detectar variantes do operon agr em Staphylococcus aureus. O sistema agr é um regulador de quorum-sensing fundamental para a virulência em S. aureus.
Take
assembly: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
assembly | Contigs montados no formato FASTA para detecção do locus agr |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
summary | Resumo delimitado por tabulação do tipo de locus agr e variantes do operon |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados no formato CSV |
Composição de Módulos
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- agrvate - Determina o tipo de locus agr e variantes do operon em Staphylococcus aureus.
- csvtk_concat - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
Usado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- agrvate - Identificação rápida do tipo de locus agr e variantes do operon agr em Staphylococcus aureus.
Citações
Se você usar este recurso em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
AgrVATE
Raghuram V. AgrVATE: Rapid identification of Staphylococcus aureus agr locus type and agr operon variants. (GitHub)