abritamr
Tags: bacteria antimicrobial-resistance amr amrfinderplus classification sample-scope
Identifique genes de resistência antimicrobiana usando AMRFinderPlus.
Este subworkflow usa o abriTAMR para identificar genes de resistência antimicrobiana em genomas bacterianos. Ele executa o AMRFinderPlus em cada amostra e consolida os resultados em classes funcionais, produzindo relatórios detalhados sobre genes de resistência, correspondências parciais e fatores de virulência.
Take
assembly: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Groovy Record contendo informações da amostra |
assembly | Contigs montados no formato FASTA |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
summary | Resumo do relatório de AMR acreditado pelo NATA, delimitado por tabulação |
matches | Lista de genes AMR correspondidos, delimitada por tabulação |
partials | Lista de genes AMR parcialmente correspondidos, delimitada por tabulação |
virulence | Lista de genes de virulência detectados, delimitada por tabulação |
amrfinder | Saída bruta do AMRFinderPlus |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
csv | Resultados agregados no formato CSV |
Composição do Módulo
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- abritamr_run - Detecta genes de resistência antimicrobiana e virulência.
- csvtk_concat - Concatena múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
Usado Por
Este subworkflow é usado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- abritamr - Uma ferramenta acreditada pelo NATA para reportar a presença de genes de resistência antimicrobiana.
Citations
If you use this in your analysis, please cite the following.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
abriTAMR
Sherry NL, Horan KA, Ballard SA, Gonҫalves da Silva A, Gorrie CL, Schultz MB, Stevens K, Valcanis M, Sait ML, Stinear TP, Howden BP, and Seemann T An ISO-certified genomics workflow for identification and surveillance of resistencia antimicrobiana. Nature Communications, 14(1), 60. (2023)