abricate
Tags: bacteria assembly antimicrobial-resistance virulence workflow sample-scope
Triagem em massa de contigs para genes de resistência antimicrobiana e virulência.
Este subworkflow coordena a execução do Abricate para rastrear montagens genômicas em busca de genes de resistência antimicrobiana e virulência, seguido pela agregação dos resultados em um único relatório resumido.
Take
assembly: Channel<Record>
| Campo | Descrição |
|---|---|
meta | Registro Groovy contendo informações da amostra |
assembly | Contigs montados no formato FASTA |
Emit
Publicados
As emissões sample_outputs e run_outputs são agregados de arquivos de saída que serão publicados no fluxo de trabalho de entrada.
sample_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
report | Um relatório de hits delimitado por tabulação; para detalhes completos, consulte Abricate - Output |
run_outputs
| Saída | Descrição |
|---|---|
report | Resumo agregado delimitado por tabulação dos resultados do Abricate de todas as amostras |
Composição de Módulos
Este subworkflow chama os seguintes módulos:
- abricate_run - Triagem em massa de contigs para genes de resistência antimicrobiana e virulência.
- abricate_summary - Resumir os resultados da triagem do Abricate.
Usado Por
Este subworkflow é utilizado pelos seguintes fluxos de trabalho:
- abricate - Triagem em massa de contigs para genes de resistência antimicrobiana e virulência.
Citações
Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
Abricate
Seemann T Abricate: mass screening of contigs for antimicrobial and virulence genes (GitHub)