Subworkflows

Bactopia inclui 90 subworkflows que orquestram módulos em unidades de análise reutilizáveis. Você também pode navegar por tag.

Subworkflow	Descrição
abricate	Triagem em massa de contigs para genes de resistência antimicrobiana e virulência.
abritamr	Identificar genes de resistência antimicrobiana usando AMRFinderPlus.
agrvate	Identificar o tipo de locus agr e variantes do operon de Staphylococcus aureus.
amrfinderplus	Encontrar genes de resistência antimicrobiana e mutações pontuais.
ariba	Identificar genes rapidamente criando montagens locais a partir de reads pareados.
bactopia_assembler	Montar genomas bacterianos usando seleção automatizada de montador.
bactopia_datasets	Baixar e disponibilizar conjuntos de dados pré-compilados requeridos pelo Bactopia.
bactopia_gather	Buscar, validar, reunir e padronizar amostras de entrada.
bactopia_qc	Realizar controle de qualidade abrangente em reads de sequenciamento.
bactopia_sketcher	Criar sketches genômicos e realizar classificação taxonômica rápida.
bakta	Anotação rápida de genomas bacterianos.
blastn	Pesquisar um banco de dados de nucleotídeos usando sequências de consulta de nucleotídeos.
blastp	Pesquisar sequências de proteínas em banco de dados de proteínas.
blastx	Traduzir sequências de nucleotídeos e pesquisar banco de dados de proteínas.
bracken	Estimar abundância de espécies a partir de reads metagenômicos.
btyper3	Classificação taxonômica in silico de genomas do grupo Bacillus cereus.
busco	Avaliar a completude da montagem de genoma usando BUSCO.
checkm	Avaliar a completude de bins metagenômicos usando CheckM.
checkm2	Avaliar a completude de bins metagenômicos usando CheckM2.
clermontyping	Prever filogrupos de Escherichia coli a partir de montagens de genoma.
clonalframeml	Detectar e mascarar eventos de recombinação em filogenias bacterianas.
deacon	Remover reads do hospedeiro de dados de sequenciamento usando deacon.
defensefinder	Buscar sistematicamente sistemas de defesa anti-fago.
ectyper	Predição in silico do sorotipo de Escherichia coli.
eggnog	Anotação funcional por atribuição de ortologia.
emmtyper	Prever tipos emm de Streptococcus pyogenes a partir de montagens de genoma.
fastani	Calcular Identidade Média de Nucleotídeos (ANI) entre genomas.
gamma	Avaliação Microbiana de Mutações em Alelos de Genes.
genotyphi	Atribuir genótipos a genomas de Salmonella Typhi.
gigatyper	Executar todos os esquemas MLST disponíveis para uma espécie contra uma montagem.
gtdb	Classificação taxonômica com o Genome Taxonomy Database.
gubbins	Detectar e filtrar regiões de recombinação em alinhamentos bacterianos.
hicap	Sorotipagem in silico do locus da cápsula de Haemophilus influenzae.
hpsuissero	Sorotipagem rápida de Haemophilus parasuis.
iqtree	Construir árvores filogenéticas de máxima verossimilhança a partir de alinhamentos.
ismapper	Identificar sítios de inserção de transposase em genomas bacterianos.
kleborate	Ferramenta de genotipagem para Klebsiella pneumoniae e seu complexo de espécies relacionadas.
kraken2	Classificar reads metagenômicos usando Kraken2.
legsta	Tipagem por Sequência Baseada in silico de Legionella pneumophila.
lissero	Predição de sorotipo in silico para Listeria monocytogenes.
mashdist	Calcular distâncias Mash entre sequências e uma referência.
mashtree	Criar árvores filogenéticas usando distâncias Mash.
mcroni	Scripts para encontrar e processar variantes de promotor a montante de mcr-1.
meningotype	Prever sorotipos de Neisseria meningitidis a partir de montagens de genoma.
merlin	Seleção de ferramentas Bactopia específicas por espécie assistida por MinER.
merlindist	Identificar espécies a partir de montagem e dados de reads usando distâncias Mash.
midas	Perfil em nível de espécie a partir de dados metagenômicos.
mlst	Determinar tipos de sequência multilocus (MLST) a partir de montagens bacterianas.
mobsuite	Reconstruir e tipar plasmídeos a partir de montagens de genoma bacteriano.
mykrobe	Prever resistência a antibióticos a partir de reads de sequenciamento.
ncbigenomedownload	Baixar genomas bacterianos do banco de dados RefSeq do NCBI.
ngmaster	Realizar tipagem por sequência multi-antígeno de Neisseria gonorrhoeae a partir de montagens de genoma.
nohuman	Remover reads humanos de dados de sequenciamento usando nohuman.
panaroo	Construir um pan-genoma a partir de anotações GFF3 usando Panaroo.
pangenome	Realizar análise de pan-genoma com filogenia do genoma core opcional.
pasty	Prever sorogrupos de Pseudomonas aeruginosa a partir de montagens.
pbptyper	Prever tipos de proteína ligadora de penicilina (PBP) de Streptococcus pneumoniae a partir de montagens de genoma.
phispy	Predição de profagos a partir de genomas bacterianos.
pirate	Construir um pan-genoma a partir de anotações GFF3 usando PIRATE.
plasmidfinder	Identificar replicons de plasmídeos em montagens de genoma bacteriano.
pneumocat	Realizar tipagem capsular de Streptococcus pneumoniae a partir de dados NGS.
prokka	Anotar genomas bacterianos com informações funcionais.
quast	Avaliar a qualidade da montagem usando QUAST.
rgi	Prever resistência antimicrobiana a partir de dados de proteína ou nucleotídeo.
roary	Construir um pan-genoma a partir de anotações GFF3 usando Roary.
sccmec	Identificar elementos SCCmec em genomas de Staphylococcus aureus.
scoary	Estudos de associação pan-genômica.
scrubber	Remover sequências contaminantes de dados metagenômicos.
seqsero2	Prever sorotipos de Salmonella a partir de montagens de genoma.
seroba	Pipeline baseado em k-mer para identificar o sorotipo de Streptococcus pneumoniae.
shigapass	Prever sorotipos de Shigella a partir de montagens.
shigatyper	Prever sorotipos de Shigella a partir de reads ou montagens.
shigeifinder	Prever sorotipos de Shigella e EIEC a partir de montagens.
sistr	Ferramenta de linha de comando do Salmonella In Silico Typing Resource.
snippy_core	Gerar alinhamento de SNPs do genoma core a partir de saídas Snippy por amostra.
snippy_run	Chamar variantes contra um genoma de referência usando Snippy.
snpdists	Calcular distâncias de SNP par a par a partir de alinhamentos de sequência.
spatyper	Prever tipos spa de Staphylococcus aureus a partir de montagens de genoma.
srahumanscrubber	Remover contaminação humana de reads de sequenciamento para submissão ao SRA.
ssuissero	Prever sorotipos de Streptococcus suis a partir de montagens de genoma.
staphopiasccmec	Identificar elementos SCCmec em genomas de Staphylococcus aureus usando o método Staphopia.
staphscan	Análise de vigilância baseada em genoma de Staphylococcus aureus.
staphtyper	Determinar os tipos agr, spa, SCCmec e realizar vigilância baseada em genoma para genomas de Staphylococcus aureus.
stecfinder	Identificar e sorotipificar E. coli produtora de toxina Shiga (STEC) a partir de montagens.
sylph	Perfilar composição microbiana usando Sylph.
tblastn	Pesquisar sequências de consulta de proteínas em banco de dados de nucleotídeos.
tblastx	Traduzir sequências de consulta de nucleotídeos e pesquisar banco de dados de nucleotídeos.
tbprofiler	Ferramenta de perfil para Mycobacterium tuberculosis para detectar resistência e tipo de cepa.
teton	Realizar classificação taxonômica e estimar tamanhos de genomas bacterianos.
traitar	Prever características fenotípicas a partir de genomas microbianos.