tbprofiler_profile

Tags: tuberculosis mycobacterium drug-resistance amr typing variant-calling sample-scope

Detectar resistência e linhagens de genomas de Mycobacterium tuberculosis.

Usa o TBProfiler para perfilar dados de Mycobacterium tuberculosis quanto à resistência a drogas e informações de linhagem, alinhando reads a um genoma de referência e identificando variantes específicas.

Usa campos de registro posicionais explícitos para reads:

• Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de read é Path?

Entradas

record (
    meta: Record,
    r1: Path?,
    r2: Path?,
    se: Path?,
    lr: Path?
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
r1	Path?	Reads R1 Illumina (paired-end)
r2	Path?	Reads R2 Illumina (paired-end)
se	Path?	Reads Illumina single-end
lr	Path?	Reads longas (ONT/PacBio)

Saídas

record (
    meta: Record,
    csv: Path?,
    json: Path,
    txt: Path?,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
csv	Path?	Resultados em formato CSV
json	Path	Arquivo de resultados JSON comprimido
txt	Path?	Resultados em formato de texto
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log específicos do programa (opcionais)
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo formatado em YAML com versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do TB-Profiler Profile

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--tbprofiler_call_whole_genome	boolean	false	Chamar o genoma inteiro
--tbprofiler_mapper	string	bwa	Ferramenta de mapeamento a usar. Se estiver usando dados nanopore, o padrão será minimap2 (opções: bwa, minimap2, bowtie2, bwa-mem2)
--tbprofiler_caller	string	freebayes	Ferramenta de chamada de variantes a usar (opções: bcftools, gatk, freebayes)
--tbprofiler_calling_params	string		Opções extras do chamador de variantes entre aspas
--tbprofiler_suspect	boolean	false	Usar o conjunto de ferramentas suspect para adicionar predições de ML
--tbprofiler_no_flagstat	boolean	false	Não coletar flagstats
--tbprofiler_no_delly	boolean	false	Não executar delly
--tbprofiler_opts	string		Opções extras entre aspas para o TBProfiler

Usado Por

Subworkflows

• tbprofiler - Ferramenta de perfilamento para Mycobacterium tuberculosis para detectar resistência e tipo de linhagem.

Workflows

• tbprofiler - Detecção de resistência antimicrobiana e tipagem de linhagem de Mycobacterium tuberculosis.

Citações

Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• TBProfiler
  Phelan JE, O'Sullivan DM, Machado D, Ramos J, Oppong YEA, Campino S, O'Grady J, McNerney R, Hibberd ML, Viveiros M, Huggett JF, Clark TG Integrating informatics tools and portable sequencing technology for rapid detection of resistance to anti-tuberculous drugs. Genome Med 11, 41 (2019)

• freebayes
  Garrison E, Marth G Haplotype-based variant detection from short-read sequencing. arXiv preprint arXiv:1207.3907 [q-bio.GN] (2012)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

TBPROFILER_PROFILE:
    - tb-profiler: 6.7.0