tbprofiler_collate

Tags: tuberculosis mycobacterium drug-resistance collate summary run-scope

Consolida resultados do TB-Profiler de múltiplas amostras.

Utiliza o TBProfiler para agregar resultados de perfilamento de múltiplas amostras em tabelas e arquivos de resumo adequados para visualização filogenética.

Entradas

record (
    meta: Record,
    json: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
json	Set<Path>	Lista de arquivos de saída JSON do TB-Profiler

Saídas

record (
    meta: Record,
    csv: Path,
    variants_csv: Path,
    variants_txt: Path,
    itol: Set<Path?>,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
csv	Path	Resultados consolidados principais em formato CSV
variants_csv	Path	Variantes consolidadas em formato CSV
variants_txt	Path	Variantes consolidadas em formato de texto
itol	Set<Path?>	Arquivos formatados para iTOL para visualização
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log específicos do programa (opcionais)
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do TB-Profiler Collate

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--tbprofiler_itol	boolean	false	Gerar arquivos de configuração para iTOL
--tbprofiler_full	boolean	false	Incluir mutações no arquivo de resultados principal
--tbprofiler_all_variants	boolean	false	Incluir todas as variantes na matriz de variantes
--tbprofiler_mark_missing	boolean	false	Um asterisco será usado para marcar predições afetadas por dados ausentes em uma posição de resistência a drogas

Utilizado Por

Subworkflows

• tbprofiler - Ferramenta de perfilamento para Mycobacterium tuberculosis para detectar resistência e tipo de linhagem.

Workflows

• tbprofiler - Detecção de resistência antimicrobiana e tipagem de linhagem de Mycobacterium tuberculosis.

Citações

Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• TBProfiler
  Phelan JE, O'Sullivan DM, Machado D, Ramos J, Oppong YEA, Campino S, O'Grady J, McNerney R, Hibberd ML, Viveiros M, Huggett JF, Clark TG Integrating informatics tools and portable sequencing technology for rapid detection of resistance to anti-tuberculous drugs. Genome Med 11, 41 (2019)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

TBPROFILER_COLLATE:
    - tb-profiler: 6.7.0