sylph_profile

Tags: metagenomics profiling taxonomy abundance ani sylph sample-scope

Perfil de amostras metagenômicas contra um banco de dados usando Sylph.

Utiliza o Sylph para perfilar amostras metagenômicas quanto à abundância taxonômica e ANI de contenção contra um banco de dados fornecido. Foi projetado para ser extremamente rápido e eficiente em termos de memória.

Utiliza campos de registro posicionais explícitos para reads:

• Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de read é Path?

Entradas

record (
    meta: Record,
    r1: Path?,
    r2: Path?,
    se: Path?,
    lr: Path?
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
r1	Path?	Reads Illumina R1 (paired-end)
r2	Path?	Reads Illumina R2 (paired-end)
se	Path?	Reads Illumina single-end
lr	Path?	Long reads (ONT/PacBio)

db: Path

Nome	Tipo	Descrição
db	Path	Caminho para o arquivo de banco de dados Sylph (*.syldb)

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro de informações da amostra
tsv	Path	Arquivo TSV com os resultados do perfil
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do Sylph Profile

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--sylph_db	string		Caminho para um banco de dados formatado pelo Sylph
--sylph_k	integer	31	Tamanho do k-mer para sketching
--sylph_min_spacing	integer	30	Espaçamento mínimo entre k-mers selecionados nos genomas do banco de dados
--sylph_subsample_rate	integer	200	Taxa de subamostragem para sketching
--sylph_min_ani	integer	95	ANI ajustado mínimo a considerar. Valores menores que 95 para o perfil produzirão resultados imprecisos.
--sylph_min_kmers	integer	50	Excluir genomas com menos do que este número de k-mers amostrados
--sylph_min_correct	integer	3	Multiplicidade mínima de k-mer necessária para correção de cobertura. Valores maiores oferecem mais precisão, mas menor sensibilidade
--sylph_estimate_unknown	boolean	false	Estimar a cobertura real e escalar a abundância de sequências no profile pela porcentagem estimada de sequências desconhecidas
--sylph_opts	string		Opções extras entre aspas para o Sylph

Utilizado Por

Subworkflows

• sylph - Perfilar a composição microbiana usando Sylph.

Workflows

• sylph - Perfil taxonômico por MinHash corrigido por abundância.

Citações

Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• Sylph
  Shaw J, and Yu YW Rapid species-level metagenome profiling and containment estimation with sylph. Nature Biotechnology (2024)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

SYLPH_PROFILE:
    - sylph: 0.9.0