stecfinder

Tags: stec e.-coli virulence serotype typing sample-scope

Sorotipo de E. coli produtora de Shiga toxina usando reads/montagens.

Utiliza o STECFinder para identificar sorotipos e fatores de virulência de Escherichia coli produtora de toxina Shiga (STEC) a partir de montagens de genomas ou reads de sequenciamento.

Entradas

record (
    meta: Record,
    fna: Path,
    r1: Path?,
    r2: Path?,
    se: Path?,
    lr: Path?
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
fna	Path	Contigs montados no formato FASTA
r1	Path?	Reads Illumina R1 (paired-end)
r2	Path?	Reads Illumina R2 (paired-end)
se	Path?	Reads Illumina single-end
lr	Path?	Long reads (ONT/PacBio)

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
tsv	Path	Arquivo TSV com os resultados dos marcadores gênicos STEC
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do STECFinder

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--stecfinder_use_reads	boolean	false	Reads Illumina paired-end serão usados em vez de montagens
--stecfinder_hits	boolean	false	Exibe resultados detalhados da busca de genes
--stecfinder_cutoff	number	10.0	Cobertura mínima de reads para que o gene seja chamado
--stecfinder_length	number	50.0	Porcentagem do comprimento do gene necessária para uma chamada positiva
--stecfinder_ipah_length	number	10.0	Porcentagem do comprimento do gene ipaH necessária para uma chamada positiva
--stecfinder_ipah_depth	number	1.0	Profundidade mínima para chamada positiva do gene ipaH (requer --stecfinder_use_reads)
--stecfinder_stx_length	number	10.0	Porcentagem do comprimento do gene stx necessária para uma chamada positiva
--stecfinder_stx_depth	number	1.0	Profundidade mínima para chamada positiva do gene stx (requer --stecfinder_use_reads)
--stecfinder_o_length	number	60.0	Porcentagem do comprimento do gene wz_ necessária para uma chamada positiva
--stecfinder_o_depth	number	1.0	Profundidade mínima para chamada positiva do gene qz_ (requer --stecfinder_use_reads)
--stecfinder_h_length	number	60.0	Porcentagem do comprimento do gene fliC necessária para uma chamada positiva
--stecfinder_h_depth	number	1.0	Profundidade mínima para chamada positiva do gene fliC (requer --stecfinder_use_reads)

Utilizado Por

Subworkflows

• stecfinder - Identificar e sorotipificar E. coli produtora de toxina Shiga (STEC) a partir de montagens.

Workflows

• stecfinder - Identificação de sorotipo de E. coli produtora de toxina Shiga.

Citações

Se você usar isto em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• STECFinder
  Zhang X, Payne M, Kaur S, and Lan R Improved Genomic Identification, Clustering, and Serotyping of Shiga Toxin-Producing Escherichia coli Using Cluster/Serotype-Specific Gene Markers. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, 11, 772574. (2021)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

STECFINDER:
    - stecfinder: 1.1.2