staphopiasccmec

Tags: staphylococcus-aureus sccmec typing mrsa primers sample-scope

Tipagem de SCCmec baseada em primers para genomas de S. aureus.

Utiliza o Staphopia SCCmec para determinar o tipo de SCCmec em montagens de Staphylococcus aureus. Inclui uma abordagem baseada em primers para identificar os tipos de SCCmec I-XI.

Entradas

record (
    meta: Record,
    fna: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Record Groovy contendo informações da amostra
fna	Path	Contigs montados no formato FASTA

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Record com informações da amostra
tsv	Path	Arquivo TSV com os resultados da tipagem de SCCmec
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo formatado em YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do Staphopia SCCmec

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--staphopiasccmec_hamming	boolean	false	Reportar os resultados como distâncias de Hamming

Usado Por

Subworkflows

• staphopiasccmec - Identifica elementos SCCmec em genomas de Staphylococcus aureus usando o método Staphopia.

Citações

Se você usar esta ferramenta em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• staphopia-sccmec
  Petit III RA, Read TD Staphylococcus aureus viewed from the perspective of 40,000+ genomes. PeerJ 6, e5261 (2018)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

STAPHOPIASCCMEC:
    - staphopia-sccmec: 1.0.0