ssuissero

Tags: streptococcus-suis serotype typing prediction sample-scope

Predição de sorotipo de montagens de Streptococcus suis.

Utiliza o SsuisSero para prever o sorotipo de cepas de Streptococcus suis a partir de montagens genômicas com base na presença de genes capsulares específicos.

Entradas

record (
    meta: Record,
    fna: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
fna	Path	Contigs montados em formato FASTA

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
tsv	Path	Resultados do SsuisSero em formato TSV
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Usado Por

Subworkflows

• ssuissero - Prevê sorotipos de Streptococcus suis a partir de montagens genômicas.

Workflows

• ssuissero - Predição de sorotipo de montagens de Streptococcus suis.

Citações

Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• SsuisSero
  Lui J SsuisSero: Rapid Streptococcus suis serotyping (GitHub)

Fonte

Ver código-fonte no GitHub

Versão

SSUISSERO:
    - ssuissero: 1.0.1