srahumanscrubber_scrub

Tags: human contamination scrubber decontamination ncbi sra sample-scope

Remover reads humanas de arquivos FASTQ.

Utiliza o SRA Human Scrubber para identificar e remover reads humanas de dados de sequenciamento. Baseia-se em um banco de dados específico de k-mers para mascarar ou remover sequências que se alinham a referências humanas.

Utiliza parâmetros nomeados posicionais explícitos para reads:

• Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de reads é Path?

Entradas

record (
    meta: Record,
    r1: Path?,
    r2: Path?,
    se: Path?,
    lr: Path?
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Groovy Record contendo informações da amostra
r1	Path?	Reads R1 Illumina (paired-end)
r2	Path?	Reads R2 Illumina (paired-end)
se	Path?	Reads Illumina single-end
lr	Path?	Reads longas (ONT/PacBio)

db: Path

Nome	Tipo	Descrição
db	Path	Diretório do banco de dados do SRA Human Scrubber

Saídas

record (
    meta: Record,
    special_meta: Record,
    r1: Path?,
    r2: Path?,
    se: Path?,
    lr: Path?,
    scrub_report: Path?,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro de informações da amostra
special_meta	Record	Um registro de metadados simplificado para junção de relatórios downstream
r1	Path?	Reads forward paired-end após scrubbing
r2	Path?	Reads reverse paired-end após scrubbing
se	Path?	Reads single-end após scrubbing
lr	Path?	Reads longas após scrubbing
scrub_report	Path?	Relatório com estatísticas do scrubbing
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log específicos do programa (opcionais)
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do SRA Human Scrubber

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--use_srascrubber	boolean	false	Usar SRAHumanScrubber para remover reads humanas

Utilizado Por

Subworkflows

• srahumanscrubber - Remover contaminação humana de reads de sequenciamento para submissão ao SRA.

Citações

Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• SRA Human Scrubber
  Katz KS, Shutov O, Lapoint R, Kimelman M, Brister JR, and O'Sullivan C STAT: a fast, scalable, MinHash-based k-mer tool to assess Sequence Read Archive next-generation sequence submissions. Genome Biology, 22(1), 270 (2021)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

SRAHUMANSCRUBBER_SCRUB:
    - bactopia-teton: 1.1.4