srahumanscrubber_initdb

Tags: human database scrubber ncbi download sample-scope

Inicializa o banco de dados de remoção de reads humanas para o SRA Human Scrubber.

Utiliza o SRA Human Scrubber para baixar e inicializar o banco de dados de k-mers necessário para remover reads humanas dos dados de sequenciamento.

Conexão com a Internet Necessária

Este processo requer uma conexão ativa com a internet para buscar o banco de dados no FTP do NCBI.

Saídas

record (
    db: Path,
    logs: Set<Path?>
)

Campo	Tipo	Descrição
db	Path	Os arquivos do banco de dados do SRA Human Scrubber inicializados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa

Usado Por

Subworkflows

• srahumanscrubber - Remove contaminação humana de reads de sequenciamento para submissão ao SRA.

Citações

Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• SRA Human Scrubber
  Katz KS, Shutov O, Lapoint R, Kimelman M, Brister JR, and O'Sullivan C STAT: a fast, scalable, MinHash-based k-mer tool to assess Sequence Read Archive next-generation sequence submissions. Genome Biology, 22(1), 270 (2021)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

SRAHUMANSCRUBBER_INITDB:
    - sra-human-scrubber: 2.2.1