spatyper

Tags: staphylococcus-aureus spa-typing repeat mrsa typing sample-scope

Encontrando tipos spa em Staphylococcus aureus.

Utiliza o spaTyper para determinar o tipo spa de genomas de Staphylococcus aureus, identificando as repetições na região X polimórfica do gene da proteína A (spa).

Entradas

record (
    meta: Record,
    fna: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Record Groovy contendo informações da amostra
fna	Path	Contigs montados no formato FASTA

repeats: Path?
repeat_order: Path?

Nome	Tipo	Descrição
repeats	Path?	Arquivo personalizado de sequências de repetição
repeat_order	Path?	Arquivo personalizado de ordem de repetição

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro de informações da amostra
tsv	Path	Resultados da tipagem spa em formato TSV
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do spaTyper

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--spatyper_repeats	string		Lista de repetições spa
--spatyper_repeat_order	string		Lista de tipos spa e ordem das repetições
--spatyper_do_enrich	boolean	false	Realizar enriquecimento do produto de PCR

Usado Por

Subworkflows

• spatyper - Prediz tipos spa de Staphylococcus aureus a partir de montagens de genoma.

Workflows

• spatyper - Tipagem spa de montagens de Staphylococcus aureus.

Citações

Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• spaTyper
  Sanchez-Herrero JF, and Sullivan M spaTyper: Staphylococcal protein A (spa) characterization pipeline. Zenodo. (2020)

• spaTyper Database
  Harmsen D, Claus H, Witte W, Rothgänger J, Claus H, Turnwald D, and Vogel U Typing of methicillin-resistant Staphylococcus aureus in a university hospital setting using a novel software for spa-repeat determination and database management. J. Clin. Microbiol. 41:5442-5448 (2003)

Fonte

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Versão

SPATYPER:
    - spatyper: 0.3.3