snpdists

Tags: snp distance matrix alignment phylogeny run-scope

Cria uma matriz de distância de SNP a partir de um alinhamento múltiplo de sequências.

Utiliza o snp-dists para ler um alinhamento FASTA e calcular uma matriz de distância de SNP par a par entre todas as sequências.

Entradas

record (
    meta: Record,
    aln: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
aln	Path	Alinhamento múltiplo de sequências no formato FASTA

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
tsv	Path	Matriz de distância de SNP par a par no formato TSV
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo formatado em YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do SNP-Dists

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--snpdists_a	boolean	false	Conta todas as diferenças, não apenas [AGTC]
--snpdists_b	boolean	false	Mantém a célula do canto superior esquerdo
--snpdists_csv	boolean	false	Gera saída em CSV em vez de TSV
--snpdists_k	boolean	false	Preserva maiúsculas/minúsculas, sem converter todas as letras para maiúsculas

Utilizado Por

Subworkflows

• snpdists - Calcula distâncias de SNP par a par a partir de alinhamentos de sequências.

Citações

Se você utilizar esta ferramenta em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• snp-dists
  Seemann T snp-dists - Pairwise SNP distance matrix from a FASTA sequence alignment. (GitHub)

Código-fonte

Ver código-fonte no GitHub

Versão

SNPDISTS:
    - snp-dists: 1.2.0