snippy_core

Tags: snippy core-genome alignment phylogeny snp bacteria run-scope

Alinhamento core-SNP a partir das saídas do Snippy.

Utiliza o Snippy para gerar um alinhamento do genoma core a partir de múltiplas saídas do Snippy. Combina chamadas de variantes (VCF) e alinhamentos para produzir um alinhamento core de SNPs, que pode ser usado para análise filogenética.

Entradas

record (
    meta: Record,
    _vcf: Set<Path>,
    _aligned_fa: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Record Groovy contendo informações da amostra
_vcf	Set<Path>	Lista de arquivos VCF gerados pelo Snippy
_aligned_fa	Set<Path>	Lista de arquivos FASTA alinhados gerados pelo Snippy

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Record Groovy contendo informações da referência
reference	Path	Genoma de referência (formato FASTA ou GenBank)

reference: Path
mask: Path?

Nome	Tipo	Descrição
mask	Path?	Arquivo BED de regiões a serem mascaradas no alinhamento

Saídas

record (
    meta: Record,
    supplemental: Set<Path>,
    aln: Path,
    full_aln: Path,
    clean_full_aln: Path,
    tab: Path,
    vcf: Path,
    txt: Path,
    samples: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro de informações da amostra
supplemental	Set<Path>	Arquivos suplementares incluindo alinhamentos individuais de cada amostra
aln	Path	Alinhamento core de SNPs no formato FASTA
full_aln	Path	Alinhamento de SNPs do genoma completo (inclui sítios invariantes)
clean_full_aln	Path	Alinhamento de SNPs do genoma completo (inclui sítios invariantes) com Ns
tab	Path	Lista separada por tabulações de sítios core de SNPs com alelos (sem anotações)
vcf	Path	Arquivo VCF multi-amostras com tags de genótipo GT para todos os alelos descobertos
txt	Path	Lista separada por tabulações com estatísticas de alinhamento e tamanho do core
samples	Path	Lista de amostras incluídas no alinhamento core
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log específicos de programas (opcionais)
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do Snippy-Core

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--snippy_core_maxhap	integer	100	Maior haplótipo a ser decomposto
--snippy_core_mask	string		Arquivo BED de sítios a serem mascarados
--snippy_core_mask_char	string	X	Caractere de mascaramento
--snippy_core_opts	string		Opções extras entre aspas para o snippy-core

Usado Por

Subworkflows

• snippy_core - Gera alinhamento de SNPs do genoma core a partir das saídas do Snippy por amostra.

Workflows

• snippy - Chamada rápida de variantes de haplótipos e alinhamento do genoma core.

Citações

Se você utilizar esta ferramenta em suas análises, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• Snippy
  Seemann T Snippy: fast bacterial chamada de variantes from NGS reads (GitHub)

• BCFtools
  Danecek P, Bonfield JK, Liddle J, Marshall J, Ohan V, Pollard MO, Whitwham A, Keane T, McCarthy SA, Davies RM, Li H Twelve years of SAMtools and BCFtools GigaScience Volume 10, Issue 2 (2021)

• Bedtools
  Quinlan AR, Hall IM BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features. Bioinformatics 26, 841-842 (2010)

• freebayes
  Garrison E, Marth G Haplotype-based variant detection from short-read sequencing. arXiv preprint arXiv:1207.3907 [q-bio.GN] (2012)

• Seqtk
  Li H Toolkit for processing sequences in FASTA/Q formats (GitHub)

• SnpEff
  Cingolani P, Platts A, Wang LL, Coon M, Nguyen T, Wang L, Land SJ, Lu X, Douglas M A program for annotating and predicting the effects of single nucleotide polymorphisms, SnpEff: SNPs in the genome of Drosophila melanogaster strain w1118; iso-2; iso-3. Fly 6(2), 80-92 (2012)

• VCF-Annotator
  Petit III RA VCF-Annotator: Add biological annotations to variants in a VCF file. (GitHub)

• Vcflib
  Garrison E Vcflib: A C++ library for parsing and manipulating VCF files (GitHub)

• vt
  Tan A, Abecasis GR, Kang HM Unified representation of genetic variants. Bioinformatics 31(13), 2202-2204 (2015)

Fonte

Ver código-fonte no GitHub

Versão

SNIPPY_CORE:
    - bactopia-variants: 1.0.4