sistr

Tags: salmonella serotype cgmlst typing prediction sample-scope

Predição de sorovar de montagens de Salmonella.

Utiliza o SISTR (Salmonella In Silico Typing Resource) para predizer sorovares de Salmonella a partir de montagens de genomas rascunho usando tipagem por sequência Multi-Locus do genoma central (cgMLST).

Entradas

record (
    meta: Record,
    fna: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
fna	Path	Contigs montados no formato FASTA

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    allele_fasta: Path,
    allele_json: Path,
    cgmlst_csv: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
tsv	Path	Resultados de predição do SISTR em formato TSV
allele_fasta	Path	Alelos novos em formato FASTA
allele_json	Path	Alelos em formato JSON
cgmlst_csv	Path	Perfil cgMLST em formato CSV
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log específicos do programa (opcionais)
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do SISTR

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--sistr_full_cgmlst	boolean	false	Utiliza o conjunto completo de alelos cgMLST, que pode incluir alelos altamente similares

Usado Por

Subworkflows

• sistr - Ferramenta de linha de comando do Salmonella In Silico Typing Resource.

Workflows

• sistr - Predição de sorovar de Salmonella enterica a partir de montagens.

Citações

Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• SISTR
  Yoshida CE, Kruczkiewicz P, Laing CR, Lingohr EJ, Gannon VPJ, Nash JHE, Taboada EN The Salmonella In Silico Typing Resource (SISTR): An Open Web-Accessible Tool for Rapidly Typing and Subtyping Draft Salmonella Genome Assemblies. PloS One, 11(1), e0147101. (2016)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

SISTR:
    - sistr_cmd: 1.1.3