shigeifinder

Tags: shigella eiec serotype identification cluster virulence sample-scope

Sorotipagem de Shigella e EIEC a partir de montagens.

Usa o ShigEiFinder para diferenciar Shigella e E. coli enteroinvasiva (EIEC) e prever seus sorotipos a partir de montagens de genomas. Utiliza genes marcadores específicos de cluster para distinguir esses patovares intimamente relacionados.

Entradas

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)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
fna	Path	Contigs montados em formato FASTA

Saídas

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    meta: Record,
    tsv: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
tsv	Path	Resultados do ShigEiFinder em formato TSV
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo formatado em YAML com as versões dos programas

Usado Por

Subworkflows

• shigeifinder - Prever sorotipos de Shigella e EIEC a partir de montagens.

Workflows

• shigeifinder - Predição de sorotipo in silico para Shigella e E. coli enteroinvasiva (EIEC).

Citações

Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• ShigEiFinder
  Zhang X, Payne M, Nguyen T, Kaur S, Lan R Cluster-specific gene markers enhance Shigella and enteroinvasive Escherichia coli in silico serotyping. Microbial Genomics, 7(12). (2021)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

SHIGEIFINDER:
    - shigeifinder: 1.3.5