shigatyper

Tags: shigella serotype typing illumina nanopore reads sample-scope

Sorotipo de Shigella a partir de reads Illumina ou Oxford Nanopore.

Utiliza o ShigaTyper para determinar o sorotipo de isolados de Shigella usando reads paired-end Illumina ou reads longas Oxford Nanopore. Detecta genes e marcadores específicos de sorotipo para fornecer uma predição do sorotipo.

Utiliza campos de registro posicionais explícitos para reads:

• Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de read é Path?

Entradas

record (
    meta: Record,
    r1: Path?,
    r2: Path?,
    se: Path?,
    lr: Path?
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
r1	Path?	Reads R1 Illumina (paired-end)
r2	Path?	Reads R2 Illumina (paired-end)
se	Path?	Reads Illumina single-end
lr	Path?	Reads longas (ONT/PacBio)

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    hits: Set<Path?>,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
tsv	Path	Resultados da predição de sorotipo do ShigaTyper em formato TSV
hits	Set<Path?>	Hits detalhados de genes da análise do ShigaTyper
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Utilizado Por

Subworkflows

• shigatyper - Prediz sorotipos de Shigella a partir de reads ou montagens.

Workflows

• shigatyper - Determinação rápida de sorotipos de Shigella a partir de reads de sequenciamento.

Citações

Se você utilizar esta ferramenta em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• ShigaTyper
  Wu Y, Lau HK, Lee T, Lau DK, Payne J In Silico Serotyping Based on Whole-Genome Sequencing Improves the Accuracy of Shigella Identification. Applied and Environmental Microbiology, 85(7). (2019)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

SHIGATYPER:
    - shigatyper: 2.0.5