shigapass

Tags: shigella eiec serotype virulence prediction sample-scope

Prever sorotipos de Shigella e diferenciar Shigella/EIEC.

Utiliza o ShigaPass para identificar sorotipos de Shigella e distinguir espécies de Shigella de Escherichia coli Enteroinvasiva (EIEC) usando marcadores genômicos específicos a partir de contigs montados.

Entradas

record (
    meta: Record,
    fna: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
fna	Path	Contigs montados no formato FASTA

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    flex_tsv: Path?,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
tsv	Path	Resultados resumidos do ShigaPass no formato TSV
flex_tsv	Path?	Resultados resumidos do ShigaPass Flex no formato TSV
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Utilizado Por

Subworkflows

• shigapass - Prever sorotipos de Shigella a partir de montagens.

Workflows

• shigapass - Previsão de sorotipos de Shigella e diferenciação de EIEC.

Citações

Se você utilizar esta ferramenta em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• shigapass
  Yassine I, Hansen EE, Lefèvre S, Ruckly C, Carle I, Lejay-Collin M, Fabre L, Rafei R, Pardos de la Gandara M, Daboussi F, Shahin A, Weill FX ShigaPass: an in silico tool predicting Shigella serotypes from whole-genome sequencing assemblies. Microb Genomics 9(3) (2023)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

SHIGAPASS:
    - shigapass: 1.5.0