seroba_run

Tags: streptococcus-pneumoniae serotype k-mer prediction seroba sample-scope

Sorotipagem de Streptococcus pneumoniae baseada em k-mer.

Utiliza o SeroBA para identificar o sorotipo de Streptococcus pneumoniae a partir de reads paired-end Illumina usando uma abordagem baseada em k-mer.

Banco de Dados Necessário

Requer que o banco de dados do SeroBA seja configurado com seroba createDBs antes da execução.

Entradas

record (
    meta: Record,
    r1: Path,
    r2: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
r1	Path	Reads R1 Illumina (paired-end)
r2	Path	Reads R2 Illumina (paired-end)

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
tsv	Path	Resultados da predição de sorotipo com o sorotipo previsto e confiança em formato TSV
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do SeroBA

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--seroba_noclean	boolean	false	Não remover arquivos intermediários
--seroba_coverage	integer	20	Limite para cobertura de k-mer da sequência de referência

Usado Por

Subworkflows

• seroba - Pipeline baseado em k-mer para identificar o sorotipo de Streptococcus pneumoniae.

Workflows

• seroba - Sorotipagem de Streptococcus pneumoniae a partir de reads paired-end Illumina.

Citações

Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• Seroba
  Epping L, van Tonder AJ, Gladstone RA, The Global Pneumococcal Sequencing Consortium, Bentley SD, Page AJ, Keane JA SeroBA: rapid high-throughput serotyping of Streptococcus pneumoniae from whole genome sequence data. Microbial Genomics, 4(7) (2018)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

SEROBA_RUN:
    - seroba: 1.0.2