seqsero2

Tags: salmonella serotype prediction seqsero2 antigen sample-scope

Predição de sorotipo de Salmonella a partir de dados de sequenciamento genômico.

Utiliza o SeqSero2 para prever sorotipos de Salmonella a partir de reads de sequenciamento brutos ou montagens de genoma, usando marcadores específicos de antígeno O e antígeno H.

Entradas

record (
    meta: Record,
    fna: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Record Groovy contendo informações da amostra
fna	Path	Reads FASTQ ou contigs montados

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    txt: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Record com informações da amostra
tsv	Path	Resultados da predição de sorotipo do SeqSero2 em formato TSV
txt	Path	Resultados da predição de sorotipo do SeqSero2 em formato de texto
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log específicos do programa (opcionais)
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo formatado em YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do SeqSero2

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--seqsero2_run_mode	string	k	Fluxo de trabalho a executar. Modo alelo 'a' ou modo k-mer 'k' (opções: a, k)
--seqsero2_input_type	string	assembly	Formato de entrada a ser analisado. 'assembly' ou 'fastq' (opções: assembly, fastq)
--seqsero2_bwa_mode	string	mem	Algoritmos para mapeamento com bwa no modo alelo (opções: mem, sam)

Usado Por

Subworkflows

• seqsero2 - Prediz sorotipos de Salmonella a partir de montagens de genoma.

Workflows

• seqsero2 - Predição de sorotipo de Salmonella a partir de reads ou montagens de sequenciamento.

Citações

Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• SeqSero2
  Zhang S, Den-Bakker HC, Li S, Dinsmore BA, Lane C, Lauer AC, Fields PI, Deng X. SeqSero2: rapid and improved Salmonella serotype determination using whole genome sequencing data. Appl Environ Microbiology 85(23):e01746-19 (2019)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

SEQSERO2:
    - seqsero2: 1.3.2