scoary

Tags: scoary pangenome gwas association bacteria roary run-scope

Estudos de associação pan-genômica ampla.

Utiliza o Scoary para pontuar os componentes do pan-genoma em relação a associações com características (fenótipos) especificadas. Foi desenvolvido para funcionar com a saída de presença/ausência de genes do Roary.

Entradas

record (
    meta: Record,
    csv: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
csv	Path	Arquivo CSV de presença/ausência de genes (tipicamente gerado pelo Roary)

traits: Path

Nome	Tipo	Descrição
traits	Path	Arquivo CSV contendo informações de características das amostras

Saídas

record (
    meta: Record,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo formatado em YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do Scoary

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--scoary_traits	string		Tabela de características de entrada (CSV) para testar associações
--scoary_p_value_cutoff	number	0.05	Para testes estatísticos, genes com valores de p maiores não serão reportados
--scoary_correction	string	I	Aplica a medida de filtragem indicada. (opções: I, B, BH, PW, EPW, P)
--scoary_permute	integer	0	Realiza N permutações dos resultados significativos após a análise
--scoary_start_col	integer	15	Em qual coluna do arquivo de presença/ausência de genes as informações individuais de cada cepa começam

Utilizado Por

Subworkflows

• scoary - Estudos de associação pan-genômica ampla.

Workflows

• pangenome - Análise de pan-genoma com filogenia opcional do core-genoma.

Citações

Se você utilizar esta ferramenta em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• Scoary
  Brynildsrud O, Bohlin J, Scheffer L, Eldholm V Rapid scoring of genes in microbial pan-genoma-wide association studies with Scoary. Genome Biol. 17:238 (2016)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

SCOARY:
    - scoary: 1.6.16